ENZİMLER
Hücre içinde üretilip hücredeki biyokimyasal reaksiyonların hızlanmasını sağlayan ve aktivasyon enerjisini düşüren, reaksiyon sonucunda değişmeden kalan ve tekrar tekrar kullanılabilen biyolojik katalizörlerdir.
Canlıların yaşamlarını devam ettirebilmeleri için solunum, sindirim, boşaltım gibi reaksiyonları çok hızlı gerçekleştirmeleri gerekir. Bu reaksiyonların yavaşlaması canlının yaşamını tehlikeye sokar. Canlı veya cansız ortamda herhangi bir reaksiyonun başlaması için sisteme dışarıdan bir miktar enerji vermek gerekir. Kimyasal tepkimelerin başlaması için gerekli olan minimum enerji miktarına “Aktivasyon enerjisi” denir.
Canlı sistemlerdeki reaksiyonların da başlaması ve devam etmesi bu aktivasyon engelinin aşılmasına bağlıdır. Canlı sistemlerde gerçekleşen biyokimyasal reaksiyonlar cansız ortamda ancak yüksek sıcaklıkta ve fazla enerji ile çok uzun sürede gerçekleşebilir. Ancak, insanın vücut sıcaklığı 36,5oC’dir ve biyokimyasal reaksiyonlar için enerjinin tasarruflu kullanılması gerekmektedir. Bununla beraber, bu reaksiyonların hem çok hızlı hem de daha az enerji ile gerçekleşmeleri gerekmektedir. Canlı sistemlerde reaksiyonların aktivasyon enerjisini düşürerek tepkimelerin daha hızlı, düşük sıcaklıkta ve çok az enerji ile gerçekleşmesini sağlayan biyolojik katalizörlere enzim denir.
Tepkimeye girecek maddeleri ısıtmakla moleküllerin kinetik enerjileri artar. Bunu sonucunda moleküller daha çok çarpışırlar ve daha kolay tepkimeye girerler. Ancak bu esnada sıcaklık artışı meydana gelir. Bu sıcaklık canlıdaki proteinlerin yapısı bozulur canlının yaşamı tehlikeye girer. İşte enzimler aktivasyon enerjisini düşürerek canlı yapısındaki proteinlerin sıcaklıktan etkilenmesini önler.
* Canlı sistemlerde enzim kullanılmadan bir reaksiyonun gerçekleşmesi yıllar alırken, enzim kullanıldığında aynı reaksiyonun hızı binlerce kat artmaktadır. Enzimler bunu; reaksiyonun aktivasyon enerjisini düşürerek yapmaktadır.
A – ENZİMLERİN ETKİ ETTİĞİ BAZI BİYOLOJİK OLAYLAR
1- Dehidrasyon sentezi. (Protein, nişasta, yağ, glikojen sentezi gibi)
2- Hidroliz (Protein, nişasta, yağ hidrolizi gibi)
3- Solunum
4- Fotosentez
5- Kasların kasılması
6- Sinirlerde uyartı iletimi
7- Hücre zarında madde alışverişi (Endositoz, eksositoz, aktif taşıma, kolaylaştırılmış difüzyon)
8- Büyüme
9- Rejenerasyon (Yenilenme)
10- Bira, şarap, ekmek, peynir vb. mayalı gıda yapımı
11- Deterjan ve temizleme tozlarının üretimi gibi
NOT:
1. Enzimlerin üretilememesi hastalıklara, sakatlıklara veya ölümlere neden olabilir. Örneğin fenilalanin hidroksilaz enzimi olmazsa fenilketonüri hastalığı meydana gelir. Fenilketonüri, yeni doğan bebeklerde büyüme geriliği ve zeka eksikliğine neden olan hastalıktır.
2. Aktivasyon Enerjisi : Bir kimyasal reaksiyonun başlayabilmesi için gerekli olan en düşük enerji seviyesine denir.
B – ENZİM YAPISI VE ÇEŞİTLERİ
Yapı bakımından enzimler ikiye ayrılır:
a- Basit Enzimler : Yalnızca protein (apoenzim) yapısındaki enzimlerdir. Ribozomlarda sentezlenir.
b- Bileşik Enzimler (Holoenzim):
Çoğunlukla enzimlerin aktif hale gelmeleri için bir aktivatöre ihtiyaç vardır. Enzimin proteinden meydana gelen kısmına Apoenzim adı verilir. Apoenzimi aktive eden faktöre de Kofaktör adı verilir. Proteinden meydana gelen apoenzim ile kofaktör bütününe Holoenzim denir.
* Holoenzim = Protein + kofaktör (koenzim)
1- Protein Kısım
* Enzimlerde proteinden meydana gelen kısma, Apoenzim denir.
* Apoenzim, reaksiyon tipini belirler. Yani enzimin hangi substrata etki edeceğini belirler.
* Protein yapısı nedeniyle sıcaklıktan etkilenirler.
2- Protein Olmayan Kısım (Koenzim veya kofaktör olarak adlandırılır)
Protein olmayan kısımlar genel olarak kofaktör olarak adlandırılırlar. Organik yapılı kofaktörler özel olarak koenzim olarak adlandırılırlar.
* Enzimin protein kısmına bağlanabilen organik moleküller, B grubu vitaminler, FAD, NAD, NADP ve ATP gibi maddelerdir.
Enzimin protein kısmına kovalent bağla sıkı bir şekilde bağlanmış koenzimler prostetik grup olarak adlandırılırlar. Prostetik gruplar protein kısımdan zor ayrılırlar.
Enzimin protein kısmına nonkovalent bağla zayıf bir şekilde bağlanmış koenzimler kosubstrat olarak adlandırılırlar. Kosubstratlar protein kısımdan kolay ayrılırlar.
* Enzimin protein kısmına bağlanabilen inorganik moleküller, Ca+2, Mg+2, Zn+2, K+, Na+1, Fe+2 gibi metal iyonlarıdır.
Apoenzim + Koenzim(veya kofaktör) = Bileşik enzim(Holoenzim)
* Enzimler protein yapılı olduğundan DNA tarafından verilen genetik şifreye göre ribozom organelinde sentezlenirler. Yüksek sıcaklık, kuvvetli asit ve baz etkisiyle yapıları bozulur. Bu olaya Denatürasyon denir.
C – ENZİMLERİN ÇALIŞMA MEKANİZMASI
Enzimlerin etki ettiği maddelere Substrat denir. Enzimlerin substratlarına bağlanmalarını sağlayan özel bölgeleri vardır. Bu bölgelere Aktif Bölge denir. Enzimler substratlarına aktif bölgeleriyle bağlanırlar. Enzimlerin çalışması şöyle gerçekleşir;
1- Enzimler reaksiyona girmeden önce serbest enzim olarak adlandırılırlar.
2- Substratlar, enzime yaklaşırlar. Substratlar enzimin aktif bölgesine zayıf bağlarla bağlanarak geçici olarak enzim-substrat kompleksi meydana gelir.
3- Kompleks oluştuktan sonra enzim çalışmaya başlayarak beklenen tepkime meydana gelir. Bu tepkime gerçekleştikten sonra enzim-substrat kompleks ayrılır ve ürün oluşur, ensim serbest hale gelir.
4- Reaksiyon sonucu enzimlerde değişiklik olmadığı için aynı tip reaksiyonlarda defalarca kullanılırlar.
Şekil: Enzimlerin çalışma mekanizması
Yukarıda verilen enzimlerin çalışmasına reaksiyonlarda, serbest enzim, substrat ve ürün miktarında görülen değişiklikler aşağıda verilen grafiklerdeki gibi olur. (Grafikler, yeterli miktarda enzim ve sınırlı miktarda substrat olduğu kabul edilerek çizilmiştir)
NOT:
3. Enzimlerin kimyasal yapıları, özellikle üçüncül yapıları tam olarak bilinmediğinden (ilk yapısı açıklanan enzim ribonükleaz, 124 amino asitten meydana gelmiştir) çalışma mekanizmaları da hala tam anlamıyla açıklığa kavuşturulamamıştır.
D – ENZİMLERİN ÖZELLİKLERİ
1- Biyolojik katalizörlerdir. Tepkimelerin başlaması için gereken aktivasyon enerjisini düşürürler.
2- Reaksiyonları başlatmazlar, reaksiyonları hızlandırır.
3- Mutlaka hücrede sentezlenirler. Hem hücre içinde hem de hücre dışında etkilidirler. Örneğin, sindirim enzimleri hücre dışında, solunum enzimleri hücre içinde çalışırlar.
4- Enzimler, hücre sitoplâzmalarında serbest olarak bulunabilirler. Veya ribozom, kloroplast ve mitokondri gibi organellere tutunmuş olarak bulunurlar. Hücre içi hidolitik enzimleri ise lizozomlarda bulunur. Hücre dışına salgılanacak enzimler ise golgi aygıtında paketlenir.
5- Etkilerini maddelerin dış yüzeyinden başlatırlar. Substrat yüzeyi arttıkça enzimin etkinliği artar. (kıymanın yüzeyi geniş olduğu için aynı miktarda parça etten daha çabuk bozulurlar. Aynı şekilde kıyma parça ete göre daha kolay sindirme uğrar.)
6- Her enzim ancak genelikle belirli bir reaksiyonu katalizler. Yani bir enzim yalnız bir çeşit reaksiyona katılabilir.
7- Bir enzimin hangi substratla çalışacağını saptayan kısmı apoenzim (protein) kısmıdır.
8- Protein yapısında olduklarından proteinin yapısını bozan her şey enzimlerin de yapısını bozar, enzimi etkileyen her şey, canlıyı da etkiler.
9- Enzimle substrat arasındaki ilişki anahtar-kilit modeline benzetilmektedir. Substrat, enzimin yüzeyine anahtarın kilide uygunluk göstermesi gibi uygunluk gösterir. Bu ilişkiyi ilk bulan Alman kimyacısı EMIL FISCHER (Emil Fişer)’dir. Bu uyum sağlandıktan sonra kofaktör işin yapılmasını sağlar. Bunu şöyle bir olaya benzetebiliriz. Elinde fırça olan bir boyacı, boyanacak yeri kendisi belirler (apoenzim kısmı), ama duvarı boyayan fırçanın kendisidir. (kofaktör kısmı). Enzimlerde de kural aynıdır, yapılacak işin emrini apoenzim verir, işi kofaktör yapar.
10- Bir çeşit Apoenzim, sadece bir çeşit kofaktörle çalışır. Ancak, aynı kofaktör birden fazla apoenzimle çalışabilir.
11- Enzimlerin çoğunluğu tersinirdirler. Reaksiyonları çift yönlü katalizlerler. Yani enzimler iki yönlü çalışırlar Sindirim enzimleri hariç. Sindirim enzimleri reaksiyoları tek yönlü gerçekleştirirler.
12- Apoenzim ribozomlarda sentezlenir ve etkilenecek substratı seçer. Kofaktör ise asıl etkiyi yapıp aktivatör etki gösterir.
13- Enzimler çok hızlı çalışırlar.
Örneğin İnsan vücudunda hücresel solunum sonucu hücre için zehirli bir molekül olan hidrojen peroksit açığa çıkar. Karaciğer hücrelerinde sentezlenen, bir molekül demir içeren katalaz enzimi, O °C’de bir dakikada, 5.000.000 hidrojen peroksit (H2O2 molekülünü H2O ve 1/2 O2‘ye parçalayabilir. Aynı miktarda hidrojen peroksitin enzim yokluğunda parçalanması 300 yıl sürer.
14- Bazı enzimler sentezlendiklerinde pasiftirler. Bazı inorganik veya organik maddelerle birleşerek aktifleşirler. Enzimlerin etkinliğini arttıran maddelere AKTİVATÖR MADDE denir. Bazı âktivatörler, enzimin substratı ile birleşmesini kolaylaştırırken, bazıları enzimin aktif yüzeyini daha da aktif hale getirerek reaksiyon hızını artırırlar.
Örnek;
15- Bir enzimin ürünü, başka bir enzimin substratı olabilir. Yani enzimler takım halinde çalışırlar.
Örnek:
16- Enzimler aktif ise; substrat ya da tepkime sonuna –az eki alırlar. Maltaz, hidrolaz, ATPaz gibi. Bazı enzimler aktif olduklarında –az eki almazlar. Pepsin, tripsin gibi. Enzimler pasif ise; substrat ya da tepkime sonuna –jen eki alırlar. Pesinojen, tripsinojen gibi.
UYARI:
1. Sonu –jen ile biten her madde enzim değildir. Glikojen bir polisakkarittir. –jen ile bitmesi sizi yanıltmasın)
17- Enzimler katalizör özelliklerinden dolayı tepkime sırasında harcanmazlar reaksiyondan etkilenmeden çıkarlar. Aynı tip tepkimede yapıları bozuluncaya kadar iş görürler.
18- Enzimler spesifiktirler. Reaksiyonlarda madde yüzeyi artarsa reaksiyon hızı da artar.
19- Canlının kompleksliği arttıkça enzim çeşidi de artar.
20- Enzimlerin farklı olmasının nedeni protein kısımlarının farklı olmasından kaynaklanır.
E – ENZİM REAKSİYONLARINI ETKİLEYEN FAKTÖRLER
Enzimlerin çalışmasını; sıcaklık, pH, enzim miktarı, substrat yüzeyi, inhibitör ve aktivatörler etkiler.
a- SICAKLIK:
* Enzimler protein yapıda olduklarından dolayı ortamın sıcaklığından etkilenirler.
* Yüksek sıcaklıkta protein yapının üç boyutlu yapısı geri dönüşsüz bozulurlar (denatürasyon).
* Enzimlerin en iyi çalışabildiği sıcaklığa optimum sıcaklık denir. Bu sıcaklık canlının vücut sıcaklığıdır.
* Sıcaklık arttıkça reaksiyon hızı önce artar, sıcaklık artmaya devam ederse reaksiyon yavaşlamaya başlar ve sonunda durur.
* Yüksek sıcaklıkta proteinlerin yapısı bozulurken düşük sıcaklıklarda bozulmaz. Bu nedenle besin maddeleri dondurulup daha sonra ısıtılıp kullanılabilmektedir. Düşük sıcaklıklarda enzim etkinliğini kaybeder. Uygun sıcaklıkta tekrar aktifleşir.
NOT:
4. Sıcaklık değiştikçe bir şeyler değişiyorsa, cevap genellikle ya enzimdir veya proteindir
UYARI:
2. Enzimlerin çalıştığı sıcaklıklar o canlının vücut sıcaklığıdır. Bu sıcaklık yetişkin sağlıklı insanlar için 36,5oC’dir. Farklı vücut sıcaklığına sahip canlılarda enzimin çalıştığı optimum sıcaklık farklıdır.
b- SUBSTRAT MİKTARI (pH, sıcaklık ve diğer faktörler sabit tutulurken)
* Sıcaklık, pH ve diğer faktörler sabit tutulurken enzim miktarının arttırılması tepkimeyi hızlandırır.
* Substrat miktarı arttırılırken ortama yeterli miktarlarda enzim ilave edilirse tepkime hızı sürekli artar.
* Substrat miktarı arttırılırken enzim miktarı sabit veya sınırlı tutulursa; tepkime hızı önce artar sonra ortamdaki enzimler substratlarla doyurulduğu için tepkime hızı sabit kalır.
c- ENZİM MİKTARI (pH, sıcaklık ve diğer faktörler sabit tutulurken)
* Sıcaklık, pH ve diğer faktörler sabit tutulurken enzim miktarının arttırılması tepkimeyi hızlandırır.
* Enzim miktarının tek başına arttırılması tepkime hızını arttırmaz. Substrat miktarı da reaksiyon hızını etkiler. Substrat miktarına bağlı olarak reaksiyon hızı farklı gerçekleşir;
* Enzim miktarı arttırılırken ortama yeterli miktarda substrat ilave edilirse tepkime hızı sürekli artar.
* Enzim miktarı arttırılırken ortamda sınırlı miktarda substrat bulunursa reaksiyon önce hızlanır sonra sabit hızda devam eder. Çünkü ortamda bulunan substratlar enzimlerle reaksiyona girinceye kadar reaksiyon hızı artar. Tüm enzimler substrattların hepsi ile tepkimeye girdiğinde azalan substrat kadar substrat ortama ilave edilir. Bundan dolayı reaksiyon hızı sabit hızda devam eder.
* Enzim miktarı arttırılırken ortamda sabit substrat bulunursa; substratların hepsi enzimlerle reaksiyona girinceye kadar reaksiyon önce hızlanır. Substratların hepsi enzimlerle birleştikten sonra substrat eklenmediği için reaksiyon hızı yavaşlar ve en son durur.
d- pH DERECESİ
* Her enzimin en iyi çalışabildiği bir pH seviyesi vardır.
* Enzimler genellikle ortamın nötr olduğu ortamlarda etkinlik gösterirler. Ancak bazı enzimler asidik bazıları da bazik ortamda daha iyi çalışabilirler.
Örneğin; midede proteinlere etki eden pepsin, pH=2 olan asidik ortamda iyi çalışırken; ince bağırsaktaki tripsin ise pH=8,5 olan bazik ortamda daha iyi çalışır.
e- YÜZEY MİKTARI
* Enzimler etkinliklerini substratların dış yüzeyinden başlatırlar. Bu nedenle substratın yüzeyi arttıkça, enzimin etkinliği de artar ve tepkimenin hızı da artar. Bu nedenle kıyma, parça etten daha çabuk bozulur.
NOT:
5. Farklı yüzey alanına sahip ancak eşit miktarda substrat ve enzim bulunan ortamlarda reaksiyonların tamamlanma süreleri farklıdır. Buna ilişkin grafikler;
UYARI:
3. Substrat yüzeyi arttıkça;
a – Enzim etkinliği artar.
b – Tepkime hızı artar.
c – Tepkimenin gerçekleşme süresi kısalır.
f- SU DERİŞİMİ
* Su derişimi enzim etkinliğini değiştirir.
* Su derişimi(=yoğunluğu) %15’in altına düştüğünde enzimler etkinlik gösteremezler
Örnek olaylar;
* Enzimlerin düşük su yoğunluğu ortamında çalışamamaları nedeniyle sebzeler ve tohumlar kurutularak uzun süre saklanabilirler.
* Turşu ve peynirlerin salamura şeklinde saklanması
* Bakterilerin endospor oluşumu
* Tohumların kuru ortamda çimlenememesi
* Bal, pekmez ve reçelin uzun süre bozulmadan kalması
NOT:
6. Evlerimizde besinlerin kurutularak saklanması, reçellerin uzun süre bozulmadan saklanması su yoğunluğu ile ilgilidir. Besinlerin kurutulması ve reçellerin koyu kıvam alıncaya kadar pişirilmei ile su yoğunluğu %15’in altına düşürülerek mikroorganizmaların enzimleri iş göremez duruma gelir. Bu sayede besinler uzun süre bozulmada saklanabilir.
g- İNHİBİTÖR MADDE
* Enzimlerin çalışmasını yavaşlatan veya durduran maddelere inhibitör madde denir.
* Bazı inhibitör maddeler şunlardır; İlaçlar, yüksek sıcaklık, arsenik, zehirler, Pb, Cu, Sn, CO, CN,……….
* Enzimin aktif bölgesini kapatarak reaksiyonları yavaşlatır veya durdurur.
İnhibitörler ikiye ayrılır.
a) Kompetitif (yarışmacı) inhibitörler: Doğrudan enzimin aktif bölgesine bağlanarak enzim ve substratın birleşmesini engeller.
b) Kompetitif olmayan inhibitörler: Enzimin aktif bölgesi dışında başka bir bölgesine bağlanarak aktif bölgenin şeklinin değişmesine neden olan olurlar. Böylece substratın enzime bağlanmasını engellerler.
h- AKTİVATÖR MADDE
* Enzimlerin çalışmasını arttıran maddelere Aktivatör madde denir.
Örneğin; Optimum sıcaklık, optimum pH, Ca,Mg, Cl, Na, Fe…………..
Enzimlerin bazı çalışamama nedenleri:
* Koenzim eksikliği
* Kofaktor eksikliği
* Hatalı genlerin varlığı
* Yüksek sıcaklık
* Düşük sıcaklık
* pH değişimi
* Su yetersizliği
* İnhibitör maddeler
F – GEN – POLİPEPTİT HİPOTEZİ
Enzimlerin protein yapılı organik maddelerdir. DNA üzerinde protein şifresi veren en küçük birime gen denir. Proteinler de DNA kontrolünde ribozomlarda sentezlenir. Dolayısıyla her enzim bir gen tarafından sentezlettirilir ya da onun kontrolü altındadır. Buna bir gen bir polipeptit hipotezi denir.
Hücredeki hayati olaylar zincir reaksiyonları şeklindedir. Bu reaksiyon kademelerinin her birinde ayrı enzim ve genler iş görür. Herhangi bir sebeple bu basamaktaki genlerden biri bozulursa (mutasyon) ilgili enzim sentezlenemez. Bu durumda reaksiyonlar gerçekleşemez. Reaksiyonların gerçekleşememesi durumunda ortamda bazı ürünlerde birikmeler görülür.
Yukarıda verilen reaksiyon zincirinde; Gen2 mutasyona uğrarsa;
* Enzim2 sentezlenemez.
* C maddesi oluşmaz.
* Ortamda B maddesi birikir.
* D maddesi oluşmaz. D maddesinin oluşması için ortama E2 verilmesi gerekir.
NOT:
7. Enzim İnhibisyonu (feedback): Zincirleme enzimatik reaksiyonlarda istenilen miktarda ürün oluştuğunda ortamda ürünün fazla birikmesini önlemek amacıyla oluşan son ürün reaksiyon basamağındaki birinci enzimle birleşerek reaksiyonu durdurur (son ürün inhibisyonu). Buna “geri besleme (Feedback)” denir. Son ürün azaldığında reaksiyon tekrar başlar.
Örnek, küf mantarlarında arjinin oluşması reaksiyonunda feedback görülür.
Şekil :Feedback
G – ENZİMLERİN SINIFLANDIRILMASI
Her enzimin 4 rakamlı bir numarası vardır.
Örneğin; 3.6.1.3. "ATP fosfohidrolaz" da birinci numara sınıfını, ikinci numara alt sınıfını, üçüncü numara grubunu, dördüncü numara da kendine özgü sıra numarasını) verir. Buna göre enzim sınıfları şunlardır:
a- Hidrolaz Enzimler : Bir molekül su sokmak suretiyle ya da su molekülü aracılığıyla moleküllerin yıkılmasını sağlayan enzimlerdir. Ester, peptit, asitanhidrit ve glikozidik bağlarına etki ederler.
1- Esterazlar : Ester bağım yıkan enzimlerdir (lipaz, ribonükleaz, fosfataz, pirofosfataz, glikozidaz).
2- Proteazlar : Peptit bağım yıkan enzimlerdir (proteinaz).
b- Transferaz Enzimler : Hidrojenin dışında bir atomun veya atom grubunun (metil, karboksil, glikozil, amino, fosfat grupları) bir molekülden diğerine aktarılmasını sağlarlar. Örneğin; Dekarboksilazlar: Karboksilik asitlerden CO2 çıkmasını sağlarlar.
c- Oksidoredüktazlar : Redoks tepkimelerini katalizler.
1- Dehidrogenazlar : Elektron kazandırıcı tepkimeleri etkilerler.
2- Oksidazlar : Elektron kaybeden tepkimeleri etkilerler.
3- Redüktazlar : Substratı bir redüktör aracılığıyla indirgeyen enzimlere denir. Örneğin asetaldehit redüktaz, asetaldehiti alkole redükler.
4- Transhidrogenazlar : Bir molekülden diğerine hidrojen taşıyarak onu redüklerler.
5- Hidroksilazlar : Substratlarına bir hidroksil ya da su molekülü katan enzimlere denir, örneğin, fenilalanin hidroksilaz bir hidroksil grubunu fenilalanine ekleyerek onu tirozine dönüştürür.
d- Ligazlar : Su molekülü çıkarmadan molekülleri yıkan enzimlerdir, örneğin C-C bağı, aldolaz ve dekarboksilazla yıkılır. Aynı şekilde C-O ve C-N bağını yıkanlar da vardır.
e- İzomerazlar : Molekül içinde değişiklik yaparak onun uzayda dizilişini değiştiren enzimlerdir. Örneğin razemaz, epimeraz.
1- Ligazlar (= Sentetazlar) : Enerji kullanarak substrat moleküllerinin birbirine bağlanmasını; örneğin amino asitlerin ve yağ asitlerinin aktifleşmesini sağlarlar.